In der europäischen Volkskunde nahm der Waldziest zwar keinen besonders bedeutenden Platz ein, dennoch schrieb man ihm regional verschiedene schützende, reinigende und heilfördernde Eigenschaften zu. Vor allem in ländlichen Gebieten glaubte man, dass stark duftende oder intensiv riechende Kräuter unerwünschte Einflüsse fernhalten könnten. Auch der auffällige, oft als herb oder wanzenartig empfundene Geruch des Waldziests wurde deshalb mit einer abwehrenden Wirkung gegen Unheil, Krankheiten oder böse Kräfte verbunden.
Aus diesem Grund ließ man die Pflanze mancherorts bewusst in der Nähe von Häusern, Stallungen oder entlang von Wegen wachsen. Solche Kräuter galten traditionell als natürliche Schutzpflanzen für Hof und Familie, was dem Einsatz anderer aromatischer Lippenblütler gleicht.
Der historische englische Name „Woundwort“, also „Wundkraut“, erinnert an seine frühere Verwendung in der Volksheilkunde zur Behandlung kleiner Verletzungen und Wunden. Dadurch entstand regional das Bild eines heilkräftigen Begleiters für Menschen, die viel im Freien arbeiteten, etwa Hirten, Waldarbeiter oder Reisende.
Auch in mittelalterlichen Klostergärten und Kräutergärten fand der Waldziest gelegentlich seinen Platz. Heilpflanzen wurden damals nicht nur zur körperlichen Genesung genutzt, sondern oft auch mit innerer Reinigung und dem Schutz vor schädlichen oder „dunklen“ Einflüssen verbunden. Trotz dieser Vorstellungen erreichte der Waldziest jedoch nie die starke symbolische oder magische Bedeutung anderer traditioneller Schutzkräuter wie Johanniskraut oder Beifuß.
Da die Pflanze bevorzugt in stillen, feuchten und schattigen Waldgebieten wächst, galt sie in naturmystischen Deutungen teilweise als geheimnisvolle „Pflanze des Waldes“. Solche unscheinbaren Waldkräuter verband man häufig mit Rückzug, Besinnung und innerer Ruhe. Die dunklen purpurfarbenen Blüten verliehen dem Waldziest zusätzlich eine geheimnisvolle Ausstrahlung.
Auch seine volkstümlichen Namen wie „Stinknessel“ oder „Bockkraut“ zeigen, wie zwiespältig die Pflanze wahrgenommen wurde. Während ihr intensiver Geruch von manchen Menschen als unangenehm empfunden wurde, galt gerade dieser kräftige Duft früher oft als Hinweis auf besondere Stärke und Wirksamkeit der Pflanze.
