Als Wortbedeutung „heiliges Kraut“ stammt die Bezeichnung vom hebräischen „ezob“ oder dem arabischen „azzol“ her, der Gattungsname „hyssopos“ leitet sich aus dem Griechischen davon ab. Bereits in der Bibel ist von dieser Pflanze die Rede.
„Wasch mich mit Hyssop rein von Sünden“
Psalm 51,7
Ysop wurde bereits in vorchristlichen Zeiten für rituelle Waschungen Kranker (Lepra) und die Tempelreinigung genutzt. Tatsächlich produziert ein auf den Blättern wachsender Pilz eine Art pflanzliches Penizillin, der die Entzündungen von Leprakranken lindern konnte. Weitere Anwendungsgebiete in der damaligen Zeit können jedoch nicht genau bestimmt werden.
Plinius erwähnt in seinen Aufzeichnungen einen aus Ysop hergestellten Wein, eine Nutzung, die später auch von den Benediktinern in ihren Klostern weitergeführt wurde. Hildegard von Bingen sah die Heilpflanze als ganzheitliches Mittel, das Körper, Geist und Seele unterstützt. Ysop ist dadurch in fast jedem Klostergarten sowie in den mittelalterlichen Kräuterbüchern vorhanden, wo sie zumeist für die Behandlung von Atemwegserkrankungen aufgeführt ist. Diese Praxis hat sich bis in der Verwendung von Ysop in Chartreuse, Bénédictine und anderen Kräuterspirituosen bis heute erhalten.