Der Thymian war wie viele andere Kräuter auch im Altertum bereits bekannt und nicht nur in der Küche, sondern auch zu Heilzwecken genutzt. Vom griechischen „thymos“ für „Mut“ hergeleitet, findet der Thymian in Griechenland Erwähnung als Räucherwerk für Orakel.
Unter Griechen und Römern sollen Soldaten in Thymianwasser gebadet haben, um Kraft und Mut zu gewinnen. Auch die Ägypter nutzten das Kraut unter der Bezeichnung tham für Leichenwaschungen und Einbalsamierungsritualen, was man auf ein mögliches Wissen um die antimikrobielle Wirkung zurückführen könnte.
Im Mittelalter weniger erwähnt, hat der Thymian dennoch einen gewissen Stand, so stickten adlige Damen Thymianzweige auf das Liebespfand ihres Liebsten, währen Bräute ihr Kopfkissen zur Förderung guter Träume mit Thymian schmückten.
Des weiteren sprachen Herbalisten dem Kraut die magische Eigenschaft zu „Feen sichtbar“ zu machen, Dämonen, böse Geister und Hexen jedoch zu vertreiben. Seit dem 16. Jahrhundert gehört der Thymian zum Officin jeder Apotheke.