Eberraute war in vielen Regionen Europas eine hochgeschätzte Schutz- und Ordnungspflanze, deren Duft und Erscheinung eine starke symbolische Bedeutung trugen. Ihr warmes, harziges Aroma galt als reinigend und klärend, weshalb sie häufig in Häusern, Ställen und Bettnischen aufgehängt wurde. Man glaubte, Eberraute halte Krankheit, Unruhe, Hexerei und „nächtliche Schatten“ fern. Besonders in den Alpen und im süddeutschen Raum wurde ein Sträußchen Eberraute über die Schlafstätte gehängt, um Albträume zu bannen und die Seele zu beruhigen.
Ihre klar gegliederten, fast zypressenartigen Blättchen ließen die Pflanze als Symbol für Ordnung, Klarheit und geistige Reinheit erscheinen. Daher wurde sie oft in Haussegen, Schutzbündel, Kräutersträuße oder Kräuterbuschen zu Mariä Himmelfahrt eingebunden. Eberraute galt als „ehrliches Kraut“. Ihr starker Duft sollte trügerische Absichten entlarven und Menschen davor schützen, getäuscht oder manipuliert zu werden.
In der Liebesmagie spielte sie ebenfalls eine Rolle. Da sie frisch, rein und zugleich beständig duftet, wurde sie jungen Frauen gelegentlich als Schutz- und Schicksalskraut mitgegeben. Eine alte Überlieferung besagt, dass Eberraute helfen könne, „das Herz wahr zu halten“, sowohl im Sinne von Treue als auch im Sinne von innerer Klarheit. Man trug sie in kleinen Stoffbeuteln am Körper, um die Standhaftigkeit der eigenen Gefühle zu stärken und unerwünschte Einflüsse fernzuhalten.
Eine weitere Tradition sieht in der Eberraute ein „Kraut der Grenzen“: Weil sie zuverlässig wächst, stark duftet und lange haltbar bleibt, nutzte man sie als Abwehrkraut an Türen, Schwellen und Fenstern. In manchen Gegenden galt sie als Schutz gegen den „bösen Blick“ und gegen Missgunst von Nachbarn oder Fremden.