Im Hochmittelalter organisierten sich Müller in eigenständigen Zünften, um ihre wirtschaftliche Sonderstellung zu sichern. Nun wurden auch die Umstände der Ausbildung ect. geregelt und neue Voraussetzungen geschaffen. Eheliche Geburt und unbescholtene Eltern waren Voraussetzung für die Aufnahme in die dreijährige Lehrzeit.
Nur zugelassene Meister durften Bann- oder Stadtmühlen betreiben. Die bestandene Lehrprüfung wurde feierlich innerhalb der Zunft begangen, um die Erklärung zum Gesellen entgegenzunehmen. Danach musste der Müllergeselle wie Vertreter vieler anderer Handwerksberufe auf Wanderschaft gehen, um zum Müllermeister erklärt werden zu können. Zunftordnungen regelten Nachtmahlen, Molter-Gebühren und den Getreideverkehr, schützten zugleich vor Konkurrenz fahrender Handmüller.
Durch gemeinsame Kästen versicherten sich Mitglieder gegen Brand- und Wasserschäden, stellten Witwenpensionen bereit und verteidigten Privilegien vor Rat oder Grundherr. So wuchs aus einem anfänglich misstrauisch beäugten Gewerbe (der Müller galt oft als „Mehl-Dieb“) ein respektiertes Handwerk mit klaren Qualitätsnormen, Wappenzeichen und Zeichensteinen an jeder Zunftmühle.
Nach der Getreidemühle folgte die spezialisierte Lebensmittelverarbeitung
Mit der zunehmenden technischen Entwicklung und der regionalen Ausdifferenzierung des Müllerhandwerks wandelte sich auch das Aufgabenspektrum der Mühlen selbst. Was ursprünglich vor allem dem Mahlen von Getreide diente, entwickelte sich im Laufe der Jahrhunderte zu einer Vielzahl spezialisierter Anlagen zur Lebensmittelverarbeitung.
- Getreidemühle (Kornmühle): Mahlen von Getreide zu Mehl oder Schrot; wichtigste Mühlenform seit der Antike.
- Ölmühle: Pressen von Öl aus Oliven, Raps, Lein oder Nüssen mittels Kollergang und Presse.
- Senfmühle: Vermahlung von Senfkörnern zur Senfherstellung.
- Gewürzmühle: Zerkleinern von Gewürzen oder Salz; oft als Handmühle ausgeführt.
- Kakaomühle: Verarbeitung von Kakaobohnen zur Schokoladenproduktion (seit dem 18./19. Jahrhundert).
- Zuckermühle: Zerquetschen von Zuckerrohr zur Saftgewinnung.
Diese Spezialisierungen zeigen, wie eng handwerkliches Können, neue Produktgruppen, technische Innovation und regionale Wirtschaftsstrukturen miteinander verflochten waren. Zugleich blieb die Mühlentechnik nicht auf die Nahrungsmittelproduktion beschränkt. Auch zahlreiche andere Handwerksbereiche machten sich die Kraft der Mühlen zunutze, beispielsweise in der Textilherstellung, in Holz- und Metallverarbeitung, in der Papier- und Gerbstoffherstellung sowie in Bergbau und Energiegewinnung.
